Minecraft è un gioco di sopravvivenza
In questa modalità sono presenti la barra della vita (rappresentata da 10 cuoricini) e la barra della sazietà (rappresentata da 10 cosce di pollo stilizzate). All'inizio del gioco la barra della vita è piena, ma Il giocatore può perdere cuori se viene danneggiato (da caduta, lava, soffocamento, fame e altri fattori). Quando il giocatore perde tutti i cuoricini, muore. In quel momento viene perso il contenuto dell'inventario (a meno che non sia attiva la regola di gioco Mantieni inventario) che sarà sparso nella zona in cui è morto. Il giocatore viene resuscitato in corrispondenza del punto di generazione, cioè nel punto in cui si è iniziato a giocare in quel mondo oppure nella posizione in cui si trova il letto in cui ha dormito l'ultima volta. È possibile recuperare cuori quando la barra della sazietà è piena o quasi piena. La barra della sazietà scende in base alle azioni compiute dal giocatore (correre, saltare, combattere o altro). Mangiando, essa risale (ogni tipo di cibo fornisce una quantità diversa di cosce).
All'inizio della partita si può scegliere il livello di difficoltà. Ci sono quattro livelli di difficoltà, tra i quali:
Essendo di base un gioco sandbox, la modalità Sopravvivenza non ha un obiettivo preciso da raggiungere da parte del giocatore. Tuttavia è disponibile una tabella di progressi interna al gioco, che indica più o meno un percorso che è possibile seguire, come la creazione del primo banco da lavoro, o della prima spada, o l'uccisione del primo animale. E inoltre è possibile finire il gioco uccidendo il Drago dell'End, anche se dopo la fine del gioco si può continuare a giocare nel mondo nella quale il gioco è finito.
È possibile raccogliere materiali da creature morte o blocchi rotti e combinarli per la creazione di altri materiali tramite un processo chiamato fabbricazione (crafting). Con tali materiali è poi possibile costruire.
Il giocatore può inoltre in questa modalità acquisire i punti esperienza (uccidendo mostri, cuocendo materiali nella fornace, distruggendo minerali o con altri procedimenti), che sono richiesti nella creazione di oggetti incantati (armi, attrezzi vari, pezzi di armatura ecc...). Gli oggetti incantati acquisiscono caratteristiche particolari che possono risultare molto utili al giocatore, come infliggere più danno ai mostri e agli avversari o distruggere i blocchi più velocemente.