En esta nueva campaña encarnaras a un nuevo ejecutor pues el de la campaña anterior fue ascendido a pretor, ahora como ejecutor deberás ayudar a zeratul y aldaris a poder llevar a la población protoss restante (Supervivientes khalai) a un lugar seguro.
Zeratul y Aldaris nos dan un resumen de lo que sucedió tras la muerte de Tassadar , Zeratul propone usar la ultima entrada disponible en aiur para huir a Shakuras, el planeta secreto de los templarios tétricos, Aldaris lo niega diciendo que deberíamos resistir en aiur pero zeratul le recuerda que ahora el conclave y todos sus miembros están muertos por que el orgullo cegó su razón, aldaris acepta este hecho y decide escuchar el plan de zeratul. En esta controlaremos un pequeño grupo de protoss y debemos llegar a la entrada, encontrar y evacuar a los superviviente khalai que encuentren en su camino , también podremos controlar a zeratul , una ves que hayamos llegado aparecerán, la misión acaba con fénix y raynor luchando contra los zerg para defender la entrada
Al llegar a shakuras nos encontramos en unas dunas deshabitadas de shakuras y al parecer los zerg lograron entrar a shakuras a través de la entrada(Portal), luego de un rato nos encontraremos con algunos hermanos de zeratul y con su ayuda debemos destruir la colmena zerg que se encuentra en una pequeño campamento tétrico que cayo en manos de esta.Tras terminar Raynor y fénix aparecen en la entrada diciendo que la desactivaran para que mas zerg no puedan llegar a shakuras, fénix alega que lo acompañara.
Después de eso llegamos a la ciudadela de shakuras, donde conocemos a Razzagal, la matriarca de los templarios tétricos esta nos menciona que esta profundamente entristecida por la caída de Aiur , y menciona que hay una forma de eliminar a los zerg de shakuras y es gracias a un templo Xel’Naga que se encuentra en las afueras de la ciudadela pero que para usarlo en contra de los zerg deberán trar al templo 2 cristales llamados: Uraj y Khalis , con estos el templo podría bridarnos su poder y con este acabar con los zerg, pero primero debemos despejar los alrededores del templo .
Una vez destruidos los cerebrados , kerrigan llegara , zeratul y aldaris quedaron sorprendidos y incómodos con su llegada, kerrigan mencionara que viene en son de paz y que trae noticias de un acontecimiento que amenaza a todos, zeratul y aldaris no le creerían nada pero Razzagal le concedería ser escoltada a la ciudadela y que declare lo que tiene que decir.
En esta misión deberemos ir al planeta braxis porque ahí se encuentra el cristal Uraj pero no será tan fácil ya que un grupo de terrans desconocidos aterrizaron cerca del lugar y no nos dejaran llegar hasta el cristal tan fácilmente nuestro objetivo será hacer que kerrigan llegue hasta el cristal.Una vez que llegamos zeratul la valorara como una nueva aliada.
Tras lograr obtener el Uraj los terran restantes crearon un bloqueo que impide toda nave escapar de braxis , artanis, zeratul y tu reciben una transmisión de una nave insignia llamada el aleksander , al parecer estos terran pertenecen a una sociedad directiva llamada DUT o “Directorio de la Unión Terrestre” , en la transmisión una vicealmirante llamado Stukov nos menciona que su objetivo en este sector es acabar con el dominio terran comandado por Arcturus Mengks y que al atacar a sus tropas y llevarse el cristal uraj, ellos nos tomaran en custodia, en ese momento zeratul menciona que Jim raynor le comento del lejano mundo llamado TIERRA, lo que nos da a entender que esta gran flota terran viene de nuestro planeta natal.
En esta misión , con la ayuda de la Tropa heroica Artanis deberemos abrirnos paso atraves del bloqueo del DUT y destruir los generadores de la plataforma para deshabilitar la torretas de misiles que impedirán el escape de cualquier nave.
Después de terminar la anterior misión y acabar con el bloqueo, el DUT abandono la persecución ,y nos dio tiempo para escapar de Braxis , para obtener el siguiente cristal que es el Khalis según zeratul deberemos ir al planeta char pero que detecta una potente señal psionica muy cerca del Khalis, Kerrigan menciona que se trata de la nueva supermente y que para obtener el cristal deberán atacar rápidamente y abrirse paso atraves de las defensas que hay cerca , artanis nos da otra opción , la cual es dañar gravemente a la supermente para que los zerg se apacigüen lo suficiente para poder tomar el cristal y escapar , cualquiera de las 2 estrategias disponibles es valida en esta misión , además como dato extra kerrigan nos dará el control de una colmena zerg para poder tener mas posibilidades de pasar la misión.
Ya con los 2 cristales en nuestro poder regresamos a aiur pero al llegar, Razzagal menciona que aldaris y una gran legión de supervivientes Khalai se revelaron alegando que fue un total error abandonar Aiur y entablar amistad con los templarios tétricos por lo que ella nos ordena aniquilar a aldaris ya que no pueden haber desacuerdos cuando los zerg están arrasando shakuras, zeratul menciona que hay algo raro en ella ya que aunque tiene cierta justificación su decisión no es algo propio de ella.
En esta misión será nuevamente protoss vs protoss habrán exactamente 3 aldaris en las partes más defendidas en el mapa todos son alucinaciones, tras eliminar al ultimo aparecerá el real , zeratul y artanis llegaran y le darán una oportunidad de arrepentirse pero este justifica alegando que descubrió que la matriarca ocultaba un oscuro secreto , menciona que fue manipulada pero justo cuando esta a punto de revelarlo es asesinado por kerrigan , zeratul se enoja por kerrigan por su insolencia y la echa de Shakuras , kerrigan menciona que nos ha usado para destruir a los cerebrados de shakuras y debilitar a la supermente luego de decir esto kerrigan se larga de Shakuras.
Tras los sucedido , zeratul y artanis le comentan a Razzagal sobre la traición de kerrigan mientras estos se cometan entre si que todos estos acontecimientos fueron planeados por ella, pero cambiando de tema ahora el objetivo de nosotros es salvar shakuras usando el templo. Razzagal nos ordena que escoltemos a zeratul y artanis con los cristales al templo y defenderlo ya que las fuerzas zerg sin duda mandaran todas sus crias al templo para destruirlo. Antes de empezar la misión zeratul se pregunta si Razzagal será la misma ya que el le sirvió por años y nunca noto un cambio egoísta en ella hasta ahora.
En esta misión debemos escoltar a zeratul y artanis al templo para que puedan empezar la canalización la cual les tomara unos 15 minutos, aquí lo ideal es construir una fortaleza alrededor del templo con un considerable ejercito para defender sin muchas complicaciones, una vez que transcurren los 15 minutos zeratul no dice que enviemos a todos los protoss en general adentro del templo luego todas tus tropas protoss entraran automáticamente al templo y así acaba la misión.